Lucy Heartfilia là một pháp sư tinh linh 17 tuổi có thể điều khiển được tinh linh. Cô đã từ bỏ gia đình giàu có của mình để đi gia nhập Fairy Tail, một hội pháp sư rất mạnh ở Fiore, luôn nổi tiếng với việc phá hoại. Trên đường đi, cô gặp gỡ Natsu Dragneel pháp sư của hội Fairy Tail cùng Happy, một chú mèo biết bay. Họ đang đi tìm cha nuôi của Natsu là một con rồng có tên Igneel đã biến mất bảy năm trước đó. Lucy chẳng may bị lừa bởi một pháp sư giả danh Salamander (Hỏa Long) đã từng là một thành viên trong hội Titan Nase. Natsu giải cứu Lucy, tiết lộ mình là Salamander thực sự và là một Dragon Slayer (sát long ma đạo sĩ), pháp sư với khả năng của rồng lửa Sau khi đánh bại kẻ giả mạo, Natsu mời Lucy gia nhập Fairy Tail câu chuyện bắt đầu từ đây

Lucy lập nhóm với Natsu, Happy cùng pháp sư băng Gray Fullbuster, và Erza Scarlet, nữ pháp sư có phép thuật triệu hồi các bộ giáp với vũ khí phép thuật trong một không gian khác. Họ được giao những nhiệm vụ theo yêu cầu của người dân để thu thập tiền thưởng, chẳng hạn như săn quái vật nhưng không được săn các hội bóng tối (hắc hội). Ngay sau đó, hội Phantom Lord tấn công Fairy Tail, dẫn đến một cuộc chiến giữa hai hội. Fairy Tail giành chiến thắng và hai thành viên của Phantom Lord là Gajeel Redfox, một Dragon Slayer nhận nuôi bởi con rồng Metalicana mang sức mạnh thiết long, và Juvia Lockser, một pháp sư nước, tham gia Fairy Tail. Cả nhóm cũng va chạm với Jellal Fernandes, người bạn thời thơ ấu của Erza, đang bị thao túng bởi Ultear Milkovich để hồi sinh pháp sư bóng tối cổ đại Zeref, bằng cách sử dụng Tower of Heaven. Natsu đánh bại Jellal và Tháp thiên đường bị phá hủy. Sau đó, Laxus Dreyar, cháu trai nổi loạn của hội trưởng Makarov Dreyar buộc các thành viên Fairy Tail tham gia một trận chiến sinh tử giữa các thành viên Kết quả là Laxus bị trục xuất khỏi hội

Fairy Tail lập một liên minh với ba hội Blue Pegasus, Lamia Scale và Cait Shelter, chiến đấu và đánh bại hội bóng tối Oración Seis với sự trợ giúp của Jellal khi anh đã mất trí nhớ. Đồng thời Lucy cũng tìm ra sức mạnh mới của cô "Sức mạnh tuyệt đối của các vì sao"-URANO METERIA. Jellal bị bắt ngay sau đó vì những tội ác trước đây của mình. Wendy Marvell, Dragon Slayer nuôi dạy bởi Grandeeney con rồng mang sức mạnh thiên long thành viên duy nhất của Cait Shelter gia nhập Fairy Tail cùng với Carla. Sau vụ Oracion Seis, Lucy, Natsu và những người khác lạc vào vũ trụ song song là Edolas khi hội của họ biến mất do tác động sức mạnh của Anima. Nhóm gặp Faust, vua của Edolas, người có ý định tạo ra một nguồn cung cấp phép thuật vô hạn cho vũ trụ này (vì Edolas không có sẵn ma thuật). Happy cũng khám phá ra cậu và Carla đều là Exceeds được gửi đến Trái đất, khi còn là trẻ sơ sinh theo lệnh của nữ hoàng Chagotte. Liên minh với Exceeds và con trai của Faust là Mystogan, pháp sư của Fairy Tail đánh bại Faust và phục hồi lại hội của họ với cái giá là sức mạnh phép thuật của Edolas bị biến mất mãi mãi. Cả nhóm trở về Trái đất cùng với tất cả các Exceeds ở Edolas. Và một trong số họ, Pantherlily, trở thành cộng sự của Gajeel, dĩ nhiên cũng gia nhập Fairy tail.

Một thời gian sau, một số thành viên của Fairy Tail, trong đó có Natsu, Lucy tham gia vào kỳ thi lên pháp sư cấp S (cấp bậc cao nhất của Fairy Tail, cho phép người sở hữu tham gia trong các nhiệm vụ cực kỳ nguy hiểm) trên mảnh đất linh thiêng Tenroujima (Thiên Lang đảo). Trong kỳ thi, hội bóng tối Grimoire Heart đứng đầu là Hội trưởng Hades (nguyên là hội trưởng đời thứ hai của Fairy Tail) bất ngờ xuất hiện với mục đích tìm kiếm Zeref - kẻ lúc này đang ở trên đảo. Với sự hỗ trợ của Laxus, Fairy Tail đánh bại Grimoire Heart. Cùng lúc này Zeref giết Hades, tuy nhiên sự kiện này đã vô tình triệu hồi rồng đen Acnologia, Acnologia nhanh chóng tấn công đảo. Linh hồn của người sáng lập Fairy Tail, Mavis Vermilion, đã bảo vệ tất cả mọi người trên đảo trước sự tấn công của Acnologia bằng một phép thuật phòng thủ, đóng băng bọn họ trong thời gian bảy năm.

Bảy năm sau, Fairy Tail bây giờ đã trở thành hội yếu nhất ở Fiore. Với sự trợ giúp của các Hội đồng minh, các thành viên còn lại đã tìm đến đảo Tenrou và đánh thức nhóm Natsu, Fairy Tail chính thức trở lại và cho Laxus quay lại hội. Một thời gian sau Fairy Tail tham gia Đại hội Pháp thuật, giải đấu hàng năm, để quyết định hội mạnh nhất Fiore. Cùng tham gia vào giải đấu là Sabertooth (hội mạnh nhất hiện nay với hai Dragon Slayers là Sting Eucliffe và Rogue Cheney), Raven Tail lãnh đạo bởi Ivan, con trai của Makarov và Lamia Scale, Blue Pegasus, Quatro Cerberusl, Mermaid Heell. Đồng thời Arcadios, đội trưởng của quân đội hoàng gia đang có kế hoạch mở cổng ma thuật Eclipse bằng cách sử dụng 12 chìa khóa Zodiac (Hoàng đạo), mục đích đi ngược thời gian và tiêu diệt Zeref trước khi ông ta trở thành một mối đe dọa. Jellal, lúc này đã vượt ngục và lập Hội trung lập Crime Sorcèrie với Ultear, Meredy, đang truy tìm nguồn gốc của sức mạnh phép thuật bí ẩn xuất hiện mỗi năm tại dây. Sau khi Natsu đánh bại Song Long của Sabertooth và vươn lên ngôi đầu bảng,hội trưởng Sabertooth - Jiemma đã tức giận trừng phạt Sting và Rogue, sử dụng phép thuật để giết Lector-chú mèo của Sting,điều này đã khiến Sting tức giận và đánh bại Jiemma,khi đó Minerva-con gái của Jiemma và cũng là nữ pháp sư mạnh nhất Sabertooth đã tới và tuyên bố Sting sẽ lên làm hội trưởng,cô cũng tiết lộ rằng cô đã dịch chuyển Lector sang 1 chiều không gian khác và ra lệnh Sting phải giúp Sabertooth chiếm lại ngôi vô địch trong ngày cuối cùng,và Sting đã đồng ý.Tới ngày cuối cùng của Grand Magic Games,các thành viên Fairy Tail đã giao chiến với các hội khác, trong khi Natsu và đồng đội tới giải cứu Lucy, sau khi đụng độ gần hết các đối thủ,các thành viên Fairy Tail đã tiến đến những trận chiến quyết định,Laxus vs Orga của Sabertooth nhưng Jura lại xuất hiện và đánh bại Orga,Gray sau khi đã đánh bại Rufus đã hợp lực cùng Juvia để chiến đấu với Lyon và Chelia,Erza gặp và đụng độ với Kagura, khi trận chiến đang đi tới đỉnh điểm,Minerva đã xen giữa và cuộc chiến,tạo nên 1 cuộc chiến tay 3,sau đó Minerva đã sử dụng Millianna làm con tin và ép Erza phải chiến đấu với Kagura,còn ả thì bỏ đi,sau khi chiến đấu và khám phá ra danh tính thật sự của Kagura,Erza đã chiến thắng và cứu mạng được Kagura nhưng cái giá phải trả là cô bị thương ở chân, Kagura cũng đã bị Minerva đánh lén, Minerva đã cướp điểm và đưa Sabertooth lên ngôi đầu bảng,ả tuyên bố rằng Sabertooth sẽ chiến thắng và trở thành hội mạnh nhất,do bị thương Erza đã bị Minerva áp đảo hoàn toàn,ả vui vẻ tra trấn Erza và tuyên bố rằng cô sẽ không bao giờ có thể đánh bại được ả, tuy nhiên Erza đã nhìn thấu được ma thuật không gian của Minerva và chém ả 1 nhát chí mạng,Minerva tức giận tấn công Erza nhưng cái mà ả phải nhận lại là những cú đánh điếng người,Erza đã mở bình năng lượng thứ 2 và tung ra con át chủ bài-Nakagami chiến giáp,với sức mạnh mới, Erza dễ dàng hóa giải những đòn đánh của Minerva,sợ hãi và bất ngờ, Minerva hỏi rằng vì sao Erza vẫn còn mạnh như vậy ? Erza đã trả lời rằng do ả ta đã làm tổn thương quá nhiều người mà cô yêu thương và tuyên bố rằng ả sẽ phải gánh chịu toàn bộ hậu quả cho những việc mà mình đã gây ra,run rẩy trong sợ hãi, Minerva khóc lóc van xin Erza dừng lại,nhưng đã quá muộn,sau 1 đòn đánh không khoan nhượng,Minerva đã gần như trần truồng,lăn lộn dưới đất trong thảm bại-theo một cách nhục nhã nhất mà ả phải chịu đựng,vị tiểu thư Sabertooth thua cuộc,thảm bại rên rỉ trên mặt đất,đặt dấu chấm hết cho chuỗi ngày dài ảo tưởng của mình,cùng lúc đó Laxus đã đánh bại Jura,Gray và Juvia chiến thắng Lyon và Chelia,Fairy Tail đã ở rất gần với chiến thắng,ngay lúc đó,Sting xuất hiện và tuyên bố sẽ đánh bại tất cả vì Lector,nhưng đến cuối cùng cậu ta lại bỏ cuộc,chứng kiến cảnh đó,Minerva đã khóc trong cay đắng và nhục nhã,Fairy Tail chiến thắng Grand Magic Games, trở thành Hội mạnh nhất Fiore.

Sau khi Grand Magic Games kết thúc, mọi người nhận được tin báo rằng có 1 bầy hàng trăm con rồng đang bay tới tấn công lâu đài. Các pháp sư và lãnh đạo hoàng gia đã quyết định sử dụng cánh cổng Eclipse (Nhật Môn) tiêu diệt bầy rồng đó, nhưng thực chất cánh cổng đó lại dẫn bảy con rồng từ quá khứ 400 năm trước về hiện tại. Kẻ đã lập nên âm mưu này là Rogue đến từ tương lai. Hắn có ý định sử dụng bảy con rồng đó để đánh bại Acnologia và thống trị thế giới. Song âm mưu đó không thực hiện được vì 7 sát long (Natsu, Gajeel, Wendy, Sting, Rogue, Laxus và Cobra) cùng các pháp sư đã ngăn chặn âm mưu của Rogue tương lai. Trong trận chiến, một vài pháp sư đã bị giết. Ultear đã sử dụng thần chú quay ngược thời gian lại 1 phút và đã xoay chuyển tình thế, đổi lại cô ấy đã phải trả cái giá đắt cho 1 phút đó là cô già đi. Khi đang chiến đấu, Natsu đã khiến một con rồng lửa là Atlas Flame thoát khỏi bùa chú của Rogue và sát cánh cùng Natsu. Natsu sau đó đã cùng Atlas Flame tấn công Rogue tương lai và phá huỷ cánh cổng Eclipse, khiến cả bảy con rồng quay về quá khứ 400 năm trước. Trước khi chết, Rogue tương lai đã cảnh báo rằng trong tương lai, Frosch - Exceed của Rogue - sẽ bị giết bởi Gray, khiến cho Rogue trở nên xấu xa và giết Sting để sở hữu thuật sát long của Sting, sau đó quay về quá khứ như hiện tại.

Sau khi chiến thắng về hội, Lucy thấy được nhiệm vụ có ghi "chỉ dành cho pháp sư tinh linh". Cô rủ Natsu và Happy cùng đi. Sau khi đến địa điểm được ghi trên tờ nhiệm vụ, cô phát hiện ra là không thể triệu hồi chìa khóa vàng. Crux bỗng hiện ra trong hình dạng bị trói và nói thế giới tinh linh đang trở nên hỗn loạn và biến mất. Sau đó, cô bỗng gặp 12 tinh linh hoàng đạo trong hình dạng "biến thể". Họ tuyên bố sẽ không phục tùng con người nữa. Trên đường về hội, nhóm gặp Hisui và Arcadios. Hisui đã tạo ra các chìa khóa để khắc chế các tinh linh. Đồng thời, Fairy Tail đã phát hiện ra lối vào nơi các tinh linh đang ở. Sau khi đóng được 12 cổng, họ bất ngờ khi bỗng dưng xuất hiện cách cổng thứ 13 - cung Xà Phu. Và sau khi hạ được Xà Phu, bõng xuất hiện một sinh vật lạ có khả năng biến con người thành chờm sao. Sau khi hầu hết mọi người đã bị biến thành chòm sao, Natsu và Happy làm liều chui vào bụng sinh vật đó. Họ thấy Tinh linh vương đang bị giam trong đó. Và sau khi cứu được ông ta, tinh linh giới đã trở lại bình thường.

Ít lâu sau, Fairy Tail nhận được nhiệm vụ từ một Thập thánh pháp sư. Macarov cử nhóm Natsu làm nhiệm vụ này. Họ đến được ngôi nhà toàn cây cối và người yêu cầu là người hay đùa tên Warrod Sequen. Nhiệm vụ là đến làng Mặt Trời và phá băng ở đó ra. Khi đến đó, họ chạm trán nhóm thợ săn kho báu Sylph Labyrinth đến săn báu vật cấp S - ngọn lửa thần của ngôi làng. Sau khi hạ họ và Flare bất ngờ xuất hiện để trợ giúp, nhóm Natsu lại gặp hắc hội Succubus Eye và Minerva đang ở trong hội đó,ả đã quyết định trả nỗi nhục mà Erza đã gây ra cho ả hồi Đại Hội Ma Thuật.Do bị ảnh hưởng bởi ma thuật của Doriate-1 thành viên của Succubus Eye,Erza đã bị Minerva áp đảo,tuy nhiên về sau Gray đã hóa giải ma thuật,Minerva 1 lần nữa thất bại trước Erza và phải bỏ trốn trong nhục nhã. Sau khi hạ Succubus Eye, Gray rã băng bao phủ quanh làng, họ thấy một ngọn lửa sắp tắt cùng giọng nói của Atlas Flame: ông là ngọn lửa thần của ngôi làng; nhiều năm về trước, có một pháp sư đã đóng băng cả ngôi làng. Cuối cùng, Flare tiết lô cô đã được tộc người khổng lồ ở đây nhận nuôi, do thấy mình lạc loài ở đây nên cô quyết định bỏ đi và gia nhập Raven Tail. và cuối cùng cô đã đoàn tụ với gia đình. sau khi làm xong nhiệm vụ, nhóm trở về nhà của Warrod. Họ hỏi về E.N.D (thứ họ nghe được sau khi chạm trán với Succubus Eye) nhưng ông lại chưa nghe gì về nó. Và ông tiết lộ, ông đã từng là thành viên của Fairy Tail.Về phần Minerva,sau khi thất bại và trở về hội,ả phát hiện ra toàn bộ Succubus Eye đã bị xóa xổ bởi Kyoka-một thành viên của Tartaros,ả sợ hãi van xin Kyoka tha mạng,Kyoka đã sử dụng ma thuật của mình,một luồng sáng lóe lên kèm theo tiếng hét của Minerva,không còn ai rõ số phận của Minerva ra sao nữa.

Chia tay Warrod chưa lâu thì nhóm Lôi Thần Tộc của Laxus bị đánh bại bởi một tên quái vật bí ẩn tại nhà hàng 8-Island của Yajima. Cùng lúc đó, Fairy Tail tự khởi xướng một nhiệm vụ là bảo vệ các cựu thành viên của Hội đồng Pháp thuật vì có thể họ sẽ bị giết như 9 người của Hội đồng Pháp Thuật.Loke được triệu hồi để hỏi về địa chỉ của các cựu thành viên. "Cửu Quỷ Môn" Tartaros - một hội gồm 9 con quỷ mang tên Etherious do Zeref tạo ra nhằm để giết chính mình - bắt đầu nổi dậy tìm kiếm hội trưởng E.N.D.